Web platform for analysis of antimicrobial resistance data in Russia


AMRmap (AntiMicrobial Resistance Map) is a web platform for analysis of AMR data in Russia that contains a set of tools to visualize the data on distribution of antimicrobial susceptibilities and main genetic resistance determinants in clinical microbial isolates.
The AMRmap database accumulates the data from prospective multicenter AMR surveillance studies conducted by the Institute of Antimicrobial Chemotherapy (IAC) and the Interregional Association for Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy (IACMAC). Currently, the database contains information on susceptibilities of >40,000 clinical microbial isolates collected in 52 cities of Russia in 1997-2016 and tested at central laboratory of IAC.
The data on antibiotic resistance phenotypes and genotypes of Neisseria gonorrhoeae are accumulated from surveillance studies conducted by the State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology.
Susceptibility categories to antimicrobial agents are determined according to current EUCAST Clinical Breakpoints and Russian National Clinical Recommendations on AST.
Loading...




Loading...

Loading...
Loading...
Loading...
Loading...


Loading...
Loading...
Loading...


Loading...
Min:

Max:

Loading...
Total pairwise differences:

Observation point (s) with the maximum number of differences:


Loading...
Loading...
Loading...
Loading...


In this section, all calculations are made for I+R isolates.

The number in each cell indicates the percentage of isolates that are non-susceptible (I+R) to antibiotic in a column, of the total number of isolates that are non-susceptible (I+R) to antibiotic in a row.

Loading...

The trend reflects the proportion of isolates insensitive to antibiotic 2 from the total number of isolates that are insensitive to antibiotic 1

Loading...
Max:

Min:

The table shows the number and percent of isolates non-susceptible to antibiotic 2 of the total number of isolates non-susceptible to antibiotic 1.

Loading...

Prevalence of isolates non-susceptible (I+R) to selected antibiotics


Loading...
Loading...
Loading...
Loading...

Loading...
Loading...
Loading...
Loading...

This tab shows the prevalence trend of resistance markers by year. Analysis of isolates collected in 2016-2017 is in progress.

Loading...

According to data from surveillance studies.

Loading...
Loading...

p-value is rounded to 4 digits after decimal separator

Loading...
Loading...
Loading...

Loading...

Team

Developers

Alexey Yu. Kuzmenkov, MD Author and Lead Developer
Medical Data Scientist, Inter-regional Association for Clinical Microbiology & Antimicrobial Chemotherapy (IACMAC)
Evidence-based medicine specialist
Ivan V. TrushinDeveloper
IT Specialist, Inter-regional Association for Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy (IACMAC)
Andrey A. Avramenko Developer
IT Specialist, Inter-regional Association for Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy (IACMAC)

Consultants

Roman S. Kozlov, MD, MSc, DSc
Corresponding Member of the Russian Academy of Sciences (RAS)
Chief Specialist, Ministry of Health of Russian Federation on Clinical Microbiology & Antimicrobial Resistance
Director, Institute of Antimicrobial Chemotherapy (IAC), Smolensk State Medical University (SSMU)
President, Inter-regional Association for Clinical Microbiology & Antimicrobial Chemotherapy (IACMAC)
Head, WHO Collaborating Centre for Capacity Building on Antimicrobial Resistance Surveillance and Research
Andrey V. Dehnich, MD, MSc, PhD
Deputy Director, Institute of Antimicrobial Chemotherapy (IAC), Smolensk State Medical University (SSMU)
Mikhail V. Edelstein, PhD
Head, Laboratory of Antimicrobial Resistance, Institute of Antimicrobial Chemotherapy (IAC), Smolensk State Medical University (SSMU)
О проекте

logo About the Project


Name

Web platform for analysis of AMR data in Russia

Version

1.3, 7.05.2018

Goals

Analysis and visualization of antibiotic resistance data

Leading organizations

  • Inter-regional Association for Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy (IACMAC).
  • Institute of Antimicrobial Chemotherapy (IAC), Smolensk State Medical University (SSMU).

Publications

ePoster ECCMID 2017

Molecular epidemiology of drug-resistant Neisseria gonorrhoeae in Russia (Current Status, 2015)

Updates

1.3, 7.05.2018

  • в раздел "Генетические детерминанты резистентности" добавлена возможность подробного анализа МПК;
  • улучшен генератор ссылок;
  • создан генератор QR-кода;
  • ускорено построение графика "Антибиотики (все)";
  • добавлена информация о распространенности мутаций резистентности среди M. pneumoniae;
  • добавлено обучающее видео в раздел "Справка".

1.2, 5.03.2018

  • создано API для работы с SNPTAb;
  • представление данных МПК в зависимости от SNP типа;
  • улучшены графики ТОП 10;
  • разработана и реализована концепция параллельных карт.

1.1, 25.01.2018

  • ускорена работа фильтров;
  • ускорено построение регрессионной кривой;
  • улучшено сжатие передаваемого контента.

1.0, 07.12.2017

  • значительно улучшена производительность и стабильность работы;
  • улучшена поддержка мобильных устройств;
  • создан новый раздел "Сравнения";
  • дополнены данные о чувствительности (H. pylori, N. gonorrhoeae);
  • обновлен дизайн графиков.

0.9.5 beta, 10.06.2017

  • открыт доступ к локальным данным для экспертов;
  • улучшена скорость и стабильность работы;
  • небольшие изменения главной страницы;
  • улучшена поддержка мобильных устройств.

0.9 beta, 28.09.2017

  • добавлена возможность сохранять графики;
  • добавлена возможность сохранения интерактивных карт.

0.8 beta, 12.09.2017

  • создан генератор отчетов docx;
  • ускорена загрузка;
  • усовершенствован файл хранения сессии.

0.7 beta, 14.07.2017

  • разработана система генерации ссылок для воспроизведения результатов анализа;
  • улучшена стабильность работы фильтров.

0.6 beta, 14.06.2017

  • запущена англоязычная версия;
  • улучшена стабильность работы;
  • созданы интерактивные матрицы множественных сравнений;
  • доработана матрица перекрестной устойчивости;
  • создан подраздел "Дерево";
  • добавлена возможность просматривать изменения во времени на интерактивной карте;
  • разработана система сохранения сессии для воспроизведения результатов анализа.

0.5 beta, 16.04.2017

  • расширены картографические возможности;
  • ускорена загрузка;
  • добавлена возможность получения информации о МПК конкретных изолятов;
  • добавлена возможность произвольного агрегирования данных МПК;
  • оптимизирован алгоритм фильтрации АМП;
  • создан подраздел "Рейтинг".

0.4 beta, 28.03.2017

  • улучшена производительность системы;
  • обновлен дизайн.

0.3 beta, 10.03.2017

  • создан раздел анализа молекулярных данных:
    • разработана карта отображающая генетические маркеры устойчивости;
    • интерактивные графики и таблицы:
      • график-пирог генетических маркеров;
      • график доли устойчивых изолятов по всем антибиотикам;
      • график распределения МПК по выбранному антибиотику;
  • доработан раздел перекрестной устойчивости:
    • изменен алгоритм расчета матрицы перекрестной устойчивости;
    • изменен алгоритм расчета графа перекрестной устойчивости;
    • изменен алгоритм расчета тренда перекрестной устойчивости;
  • обновлен дизайн;
  • улучшены базовые алгоритмы расчета.

0.2 beta, 16.11.2016

  • расширены возможности картографического отображения:
    • добавлена возможность отрисовывать контуры;
    • добавлены возможности работы с цветовой палитрой;
  • расширены возможности анализа трендов:
    • определение пиков и спадов трендов;
    • добавлена возможность анализа графов (расположение в пространстве, выбор узлов, задание размеров узлов, определение центральности узла и количества связей);
  • создан раздел анализа перекрестной резистентности:
    • разработана модель графа перекрестной резистентности с дополнительными параметрами (временной период, параметры отображения связей);
    • создан дополнительный табличный вывод по построенному графу;
    • разработана матрица перекрестной резистентности с дендрограммами;
    • разработан тренд перекрестной устойчивости с дополнительным текстовым выводом.

0.1 beta, 01.10.2016

  • переработана структура системы;
  • обновлен дизайн:
    • создан логотип;
    • ликвидирована отдельно существовавшая вкладка Тренды;
    • уход от системы дашбордов;
  • улучшена поддержка мобильных устройств;
  • добавлена вкладка Справка с подразделами:
    • создан подраздел Авторы;
    • создан подраздел Руководство пользователя:
      • создано интерактивное руководство пользователя;
      • создано руководство пользователя в формате pdf;
  • создан подраздел О проекте;
  • создан footer;
  • разработана система уровней доступа пользователей;
  • добавлена возможность выбора ЛПУ;
  • разработан и добавлен график Антибиотики ТОП;
  • доработки вкладки Гистограмма;
  • доработки вкладки Гистограмма + 95% ДИ;
  • переработана вкладка Суммарная информация;
  • переработана вклада Таблица;
  • оптимизирована работа модуля карты:
    • переработано выпадающее меню;
    • оптимизирован автофокус;
  • переработана система вычисления фильтров;
  • улучшена работа генератора отчетов;
  • добавлена Google аналитика;
  • переработана система расчетов ядерной регрессии;
  • переработана система подготовки данных к расчетам;
  • создана и внедрена "концепция расчета 95% ДИ" для оценки точности данных;
  • оптимизирована загрузка данных;
  • оптимизированы вычисления циклов.

Contacts

Alexey Yu. Kuzmenkov


IAC IACMAC
Mail to Facebook VK Twitter Instagram